L'autorité suprême de la Fédération est le Congrès. Tous les quatre ans, il détermine les grandes orientations de la politique et de l'action de l'organisation, ainsi que les Statuts qui la régissent. Le Congrès élit le Président et le Secrétaire général.

Le Comité central est responsable de la politique et de l'action de la Fédération entre les Congrès. Il se réunit tous les deux ans. Toutes les affiliées en sont membres.

Le Comité exécutif, élu par le Comité central, est composé de 25 membres. Représentant les grandes régions du monde, il se réunit au moins deux fois l'an.

Le Comité des finances est composé de quatre membres du Comité exécutif, du Président et du Secrétaire général. Sa tâche consiste à analyser et à proposer des recommandations au Comité exécutif sur des questions telles que le plan financier à long terme, les besoins financiers de la FIOM et son budget annuel.

Quatre contrôleurs élus vérifient l'état des recettes et des dépenses.

Le Secrétariat met en œuvre les décisions prises par les organes de la Fédération. Il se compose du Secrétaire général, du Secrétaire général adjoint et du personnel.

Situé à Genève, le siège de la FIOM héberge le secrétariat. C'est là que s'effectue la coordination des activités mondiales de la Fédération avec son réseau de bureaux régionaux:

• Afrique de l'Est et Afrique australe: Johannesburg
• Asie du Sud: New Delhi
• Asie du Sud-Est: Kuala Lumpur
• Amérique latine et Caraïbes: Montevideo, Uruguay
• Pays CEI: Moscou, Russie.