Il Congresso è la massima autorità all'interno della FISM. Si riunisce ogni quattro anni allo scopo di stabilire le linee generali di tutte le politiche e le azioni della FISM, comprese le norme statutarie che regolano la vita della federazione. Il Congresso elegge anche il Presidente ed il Segretario Generale della FISM.

Il Comitato Centrale ha la responsabilità di tutte le politiche e le azioni intraprese tra un congresso e l'altro. Si riunisce ogni due anni e ne fanno parte tutti gli affiliati.

Il Comitato Centrale elegge il Comitato Esecutivo. Questo è composto da 25 membri. Si riunisce almeno due volte all'anno e rappresenta le principali regioni del mondo.

La Commissione Finanze è composta da quattro membri del Comitato Esecutivo, più il Presidente ed il Segretario Generale. La commissione ha il compito di analizzare questioni come la pianificazione finanziaria a lungo termine e le necessità finanziarie della FISM, di esaminare il bilancio annuale, e di fare raccomandazioni in proposito al Comitato Esecutivo.

Vengono eletti quattro sindaci revisori dei conti che controllano le entrate e le uscite.

La Segreteria applica le decisioni prese dagli organismi della federazione. E' composta dal Segretario Generale, dal Vice-Segretario Generale e dai funzionari.

La sede centrale della FISM, in cui opera la Segreteria, si trova a Ginevra, in Svizzera, dove le attività a livello mondiale vengono coordinate tramite una rete di uffici regionali:

• Africa Orientale e Meridionale - Johannesburg, Sudafrica
• Asia Meridionale - Nuova Delhi, India
• Sudest Asiatico e Pacifico - Kuala Lumpur, Malaysia
• America Latina e Caraibi - Santiago, Cile